瓊林院位牌廟位於有馬家墓地的北西部，在有馬家靈屋中是最後建築的。其為供奉了二代藩主忠賴靈位的建築，從石燈籠雕刻的碑文中可推想是大概於承應４（16５５）年建築的。屋頂構造雖然是歇山頂設計，但與其他位牌廟同樣，相信是在後世補修時所改裝的。內部則安放了如模仿了春林院位牌廟宮殿細節的精緻宮殿，當中安放了忠賴（瓊林院）的靈位。在有馬家，瓊林院位牌廟後沒有再建築靈廟，其後藩主以建立三重石塔的進行供奉。