琼林院位牌庙位于有马家墓地的北西部，在有马家灵屋中是最后建筑的。其为供奉了二代藩主忠赖灵位的建筑，从石灯笼雕刻的碑文中可推想是大概于承应４（16５５）年建筑的。屋顶构造虽然是歇山顶设计，但与其他位牌庙同样，相信是在后世补修时所改装的。内部则安放了如模仿了春林院位牌庙宫殿细节的精致宫殿，当中安放了忠赖（琼林院）的灵位。在有马家，琼林院位牌庙后没有再建筑灵庙，其后藩主以建立三重石塔的进行供奉。